آزمایشگاه مولکولی مرکز تحقیقات لیشمانیوز به‌طور تخصصی بر تشخیص دقیق و تعیین گونه‌های انگل لیشمانیا متمرکز است. این مرکز از روش‌های مولکولی پیشرفته، به ویژه PCR (واکنش زنجیره‌ای پلیمراز) برای شناسایی DNA انگل استفاده می‌کند که حساسیت و اختصاصیت بالایی دارد و امکان تفکیک گونه‌های مختلف لیشمانیا را فراهم می‌سازد. این روش سریع‌تر از روش‌های سنتی کشت و میکروسکوپی است و نیازمند نمونه‌هایی از ضایعات پوستی، مغز استخوان یا خون بیماران می‌باشد.

مرکز تحقیقات با بهره‌گیری از تجهیزات تخصصی و کارشناسان زبده، علاوه بر تشخیص، به تحقیق در زمینه تنوع ژنتیکی انگل‌ها، بررسی مقاومت دارویی و توسعه روش‌های نوین تشخیصی و درمانی نیز می‌پردازد. نمونه‌برداری باید با رعایت نکات ایمنی و استفاده از روش‌های استاندارد انجام شود تا کیفیت و دقت آزمایش تضمین گردد.